В марте 2023 года решением горкома КПРФ Евгения Ступина исключили из партии. Среди причин назывались:подписание письма «Социалисты и коммунисты против войны» 24 февраля 2022 года;
предоставление суду положительной характеристики на осуждённого оппозиционера Илью Яшина;
голосование против отчёта мэра Москвы Сергея Собянина.
Позднее его также исключили из фракции в Мосгордуме.
В июне 2023 года Минюст России включил Ступина в реестр иностранных агентов.
8 мая 2024 года полномочия депутата были прекращены досрочно.
По данным Мосгордумы, Ступин не участвовал в заседаниях парламента без уважительной причины на протяжении полугода (с 27 сентября 2023 года по 18 апреля 2024 года). Сам бывший депутат утверждал, что ему не давали подключаться к видеоконференциям.
С сентября 2023 года Ступин находился за границей.
Он связывал это с угрозами уголовного преследования.
